在实际经营过程中，由于部分行业的个人独资企业会计账簿不健全，资料残缺难以查账，税务机关可以采用合理的方法依法核定其应纳税款，也就是我们所称的核定征收。

取得核定征收的个人独资企业，如其年收入不超过500万元人民币时，可按小规模纳税人缴纳增值税即3%；个人所得税则通常由税务机关核定其利润率确定应纳税所得额后，再根据上述对应的税率来计算应纳税额。

举例来说，假设某个人独资企业的年收入为120万元人民币，其利润率核定为10%，则其应缴纳的个人所得税为：120万元*10%*20%-10500元=13500元。